Für die Darstellung im Baumdiagramm gelten als Regeln:

• Es gibt genau einen Startknoten.
• Der Startknoten liegt in der obersten Strukturebene.
• Jeder Knoten kann sich zu beliebig vielen Knoten in genau die unter ihm liegende Strukturebene verzweigen.
• Die Strukturebenen überschneiden sich nicht und haben keine gemeinsamen Knoten.
• Jeder Knoten bis auf den Startknoten hat zu genau einem Knoten aus der über ihm liegenden Strukturebene eine Verbindung.

Das Baumdiagramm erfüllt damit die Anforderungen an eine eindeutige Hierarchie: Jeder hat genau einen Vorgesetzten, jeder Vorgesetzte kann beliebig viele Mitarbeiter haben, Führungsebenen überschneiden sich nicht. Baumdiagramme werden deshalb meist für Organigramme verwendet.

Projektspezifisch wird die Darstellung des Baumdiagramms für den Projektstrukturplan und den Produktstrukturplan verwendet. Aber auch Risiken, Ressourcen, Kosten und andere Inhalte können in Strukturplänen dargestellt werden.

Baumdiagramme bzw. Strukturpläne eignen sich zur klaren und schnellen Orientierung, insbesondere für Entscheidungsstrukturen und Systematiken. Die hierarchische Sichtweise ist jedoch für die Darstellung komplexer Systeme mit netzartigen Zusammenhängen nicht geeignet. Eine Sonderform des Baumdiagramms ist die Mind Map, die allerdings auch Querverbindungen als Assoziationen zulässt.