In Projekten sind hierarchische Strukturen üblich für alle Arten von Strukturplänen (Produkt-, Projekt-, Kosten-, Ressourcenstrukturen usw.) und für Organisationen (Aufbauorganisation, Projektorganisation). Der starke Einsatz hierarchischer Strukturen in Projekten hat zum Ziel, allen Projektbeteiligten innerhalb eines sich ständig verändernden Systems maximale Orientierung zu geben. Sie sollen zur beständigen Fokussierung auf die Zielerreichung dienen und würden ihren Zweck verfehlen, wenn sie die Handlungsmöglichkeiten der Projektbeteiligten unangemessen einengen würden. Die nach außen scheinbar strenge hierarchische Strukturierung eines Projekts hat in etwa die gleiche Funktion wie ein Improvisationsschema in der Musik: Nur durch einen stabilen und für alle verlässlichen Rahmen kann gemeinsam eine kreative und innovative Leistung erbracht werden.

Im Gegensatz zur Linienorganisation gibt es innerhalb des Projektteams meist keine eindeutige Hierarchie. An ihre Stelle tritt die Veranwortlichkeitsmatrix, die für jedes Teammitglied bereichsbezogen die Befugnisse und Verantwortungen klärt. Als problematisch kann sich im Projektteam die Ausformung einer Gruppenhierarchie erweisen, die sich stark an persönlichen Faktoren orientiert. Es ist Aufgabe des Projektleiters, diese Teamentwicklung im Sinne des Projektziels zu gestalten.

Zwischen den Organisationseinheiten innerhalb des Projekts (Lenkungsausschuss, Change Control Board, Teilprojektleiter usw.) muss von Anfang an eine klare Verteilung von Befugnissen und Verantwortungen herrschen. Nicht eindeutige Entscheidungsstrukturen verhindern die Steuerung des Projekts.